2009年11月9日 星期一

[書介] 新分類學

[書名] The New Taxonomy Series: Systematics Association Special Volumes
[作者] Editor(s): Quentin D. Wheeler, Arizona State University, Tempe, USA Series Editor(s): Alan Warren
[出版年代] 2008
[出版單位] CRC Press, New York.
[規格] xi + 237 pp.

[ISBN] 978-0-8493-9088-3

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[內容介紹]
分類學的新樣貌

分類學是所有生物科學的基礎,並長期作為鞏固重建巨大生命樹或盡可能搶救最多生物多樣性的基礎。直至目前為止,我們仍無法回答出地球上究竟有多少種生物。本書描述了該理論的彙總、網路基本建設與國際團隊合作如何遭遇空前的挑戰並開創一個嶄新的領域-"網路分類學"。

分類學遇到生物多樣性危機之挑戰

這是有關描述性的分類學之未來的深度討論,本書檢查了數個國際團體努力的成果並編目了世界上的生物多樣性始之易於認識。本書標示出分類學面對生物多樣性空前 危機之挑戰時,是位在一個向上弧線的開端。當代的分類學者重申分類學為一門獨立科學的獨特任務、目標與重要性,他們囊括了諸如DNA證據與應用、電腦輔助 物種鑑定、數位形態學與 E-typification。本書提供了如何有效組織分類學資訊的洞見,並討論從快速成長的分類學知識中能產生什麼樣的好處。
未來的視野與挑戰
從 1985年 E.O. Wilson指出我們對地球上的物種所知甚少以來,情況並未改變太多。本書提供關於全面改變的視野與挑戰。本書針對形態學和描述性分類學指出他們對於科學 和社會有著驚人的重要性,並架構出面對生物多樣性危機的建設性回應。同時也是一個對分類學和博物館社群提出共同行動、組織、計畫、創新與共同開始分類學漫 長歷史中最有野心的時期的呼籲。

[相關書評] Systematic Biology 2008 57(4):660-663; doi:10.1080/10635150802303508

2009年10月25日 星期日

[書介] 種概念與親緣關係理論:一場辯論

[書名] Species Concepts and Phylogenetic Theory: A Debate
[作者] Quentin D. Wheeler and Rudolf Meier (eds.)
[出版年代] 2000
[出版單位] Columbia University Press, New York, New York.
[規格] 9.8 x 6.9 x 0.6 inches. 230 p.
[ISBN] ISBN 0-231-10142-2 (cloth), 0-231-10143-0 (paperback)
[原文書介網頁] 線上預覽
[內容介紹]
自從Hennig在1966年發表了
Phylogenetic Systematics之後,親緣關係研究便以前所未有的速度改變了系統學者與分類學者的研究工作,無論是在假說或分類上的品質、或是在生物學上的應用。 由於物種的概念對於生物學的研究、尤其是一般系統學或親緣系統學而言相當關鍵,種概念與深奧的親緣關係理論能否相互呼應便格外重要。隨著對於近幾十年來生物滅絕的關注,世界各地都在進行生物多樣性的調查、比較與保育等等,這些無一不根基在“究竟什麼是一個物種“這個概念上。雖然有數千篇的相關文章,現今人們使用的種概念比上一個世紀還要多,而動物學界的共識-生物種概念也開始動搖,現在大家都在尋找最符合親緣關係理論的種概念。本書的兩位共同作者對種概念的認知長期持著不同的意見,經過多次討論甚至爭論,都沒有達到共識,因此他們認為讓各個種概念的支持與反對者的意見在書中做闡述與辯論,會是較好的呈現。 本書可分為三大部份,第一部份為意見說明文章、第二部份為批評文章、以及第三部份的反駁。每個部份中分別有一章由各個種概念的擁護者所提供的見解,與說明反對者的意見,茲將各部分主題介紹如下:

引言
1.各個種概念的理論與在生物學上的應用- 系統生物學上的邏輯辯論

第一部份 意見說明 (Point)
2.生物種概念 (by Ernst Mayr )
3.Hennig氏的種概念 (by Rudolf Meier and Rainer Willmann)
4.
Mishler 和 Theriot 所認定的親緣關係種概念:單系性、衍徵與親緣關係種概念 (by Brent D. Mishler and Edward C. Theriot)
5.
Wheeler 和Platnick 所認定的親緣關係種概念 (by Quentin D. Wheeler and Norman I. Platnick)
6.演化種概念 (by E. O. Wiley and Richard L. Mayden )

第二部份 批評文章

7.對於生物種概念的批評
(by Ernst Mayr )
8.
對於Hennig氏的種概念的批評 (by Rudolf Meier and Rainer Willmann)
9.對於
Mishler 和 Theriot 所認定的親緣關係種概念:單系性、衍徵與親緣關係種概念之批評 (by Brent D. Mishler and Edward C. Theriot)
10.
對於Wheeler 和Platnick 所認定的親緣關係種概念之批評 (by Quentin D. Wheeler and Norman I. Platnick)
11.對於
演化種概念之批評 (by E. O. Wiley and Richard L. Mayden )

第三部份 辯護
12.關於
生物種概念的辯護 (by Ernst Mayr )
13.關於
Hennig氏的種概念辯護 (by Rudolf Meier and Rainer Willmann)
14.
關於Mishler 和 Theriot 所認定的親緣關係種概念:單系性、衍徵與親緣關係種概念之辯護 (by Brent D. Mishler and Edward C. Theriot)
15.
Wheeler 和Platnick 所認定的親緣關係種概念辯護 (by Quentin D. Wheeler and Norman I. Platnick)
16.
演化種概念辯護 (by E. O. Wiley and Richard L. Mayden )

[相關書評]
G. Nelson. 2003. Book review -Species concepts and phylogenetic theory : a debate. Cladistics 19 274–275 . [pdf]

2009年10月14日 星期三

稀有的新分類群生物被描述時是否一定得將之殺死留製模式標本?

  • 請參考粉紅鬣蜥的案例(連結一)(連結二)(連結三)
  • 請修課同學協調如何討論這個案例, 以及試著找到其它類似案例的解決之道或後續效應
  • 報告時間為10/21日晚間6:30

2009年10月4日 星期日

[書介] 物種描述 Describing Species: Practical Taxonomic Procedure for Biologists

[書名] Describing Species: Practical Taxonomic Procedure for Biologists
[作者] Judith E. Winston
[出版年代] October, 1999
[出版單位] Columbia University Press
[規格] Paper, 512 pages, 14 photo, 38 illus
[ISBN] 978-0-231-06825-3
[電子版預覽] 在此
[內容介紹]
世界上所擁有的物種數量遠大於我們已經描述並命名的數量,每天都有新的物種在世界各地被發現,將它們命名於分類對世界各地研究者來說都幾乎是不可能的任務。隨著調查方法與技術的進步,各類群中新發現的物種急速增加,也亟待被描述、命名與歸類,本書是首先按部就班指導學生和研究者進行基礎分類研究的參考書。描述物種時會遇上許多困難,其問題可能來自於新種的發現者不知如何進行正式的描述發表而尚未被命名、或者該新種的描述少得可憐。生物學者遇到的命名問題也可能是因前人分類工作所引起或來自於自身研究所得到的新資訊。本書對研究者或學生來說是一個實務上的指引與範例,分別說明了如何描述
在動物與植物界新發現的物種。

本書以特別的章節敘述如何發表分類學文章與進行其生態描述,同時亦包括亞種級、屬級與更高階層的描述,可增進寫作者在分類學相關計畫、報告、名錄、動植物相調查、回顧、特論或解說指南的撰寫。 本書根據最新版本的國際動物
命名規約ICZN)和植物命名規約編寫(ICBN),並認為系統學是全球化與多元文化的活動。雖然本書是以英文撰寫,但其對各地進行分類學的人士與相關領域的學生而言都相當實用。全書共有22章,可區分為四個部份。第一部份是導論,介紹分類學的歷史、起源與演變,民俗分類學的相似性,有關近期提出的生物碼亦有討論:包括植物碼與動物碼之間命名碼的差異。第二部份講述如何辨別物種,不同的種概念之間的長處與限制,標本館中標本的標籤資訊撰寫與標本存放,以及指定模式標本的準則。第三部份提供撰寫物種描述的細節,如拉丁字尾的處理。第四部份則帶領讀者越過物種的描述來到如何發表文章,其中亦觸及分子系統學的實務現況。

[相關書評]
Carl J. Ferraris Jr. 2000. Describing Species: Practical Taxonomic Procedure for Biologists. Copeia 2000(4):1134-1136. doi: 10.1643/0045-8511(2000)000[1134:BR]2.0.CO;2
R. J. RANJIT DANIELS. 2001. Describing Species: Practical Taxomonic Procedure for Biologists. CURRENT SCIENCE 80 (6):25

認識這世界-為生物命名的學問 (翻譯得很生硬的一篇科普報導)

原文應該是這篇發表在The New York Times的文章

認識這世界-為生物命名的學問
2009/10/02
【夏嘉玲/譯】

儘管現今分類學大大地現代化了,從業人員運用去氧核醣核酸序列、複雜的演化理論和超級電腦幫所有物種分類、命名,分類學家的工作卻依然在持續減少。攸關分類作業的自然歷史珍藏不是不公開,就是被丟棄。

為生物分類、命名並非冷門學問。過去幾十年源源不絕的研究顯示,為自然世界分類、命名是種普遍、根深柢固且基本的人類活動。這活動我們丟失不起,因為少了它,我們就無法認識這個活生生的世界,以及我們在其中的定位。

分類學是瑞典植物學家林奈18世紀正式創立的科學,而人類學家則是最早體認到分類學也許不止於此的人。人類學家研究非自然科學家如何分類、命名生物,創造所謂的民俗分類學後,開始發覺全球各地的人們創造分群並為生活在其四周的分群命名時,遵循非常刻板的模式,看似無意識地遵從一套不成文的規則。舉例來說,菲律賓的伊隆戈人以身體部位為華麗的野生蘭花命名,因此有些地方盛開「大腿」,別處盛開「指甲」、「手肘」和「拇指」。新幾內亞的洛斐佛人把食火雞這種體型巨大的鳥歸類為哺乳動物。

實際上,乍看之下,人與人之間似乎連形成共識的空間都快沒了,遑論一組普世遵循的規則。然而,深藏的相似之處近來開始變得明顯。

美國北伊利諾大學人類學家西塞兒‧布朗研究過188種語言的民俗分類學,發現人們一再辨認出相同的基本類別,包括魚類、鳥類、蛇類、哺乳動物、「蟲類」(意謂蠕蟲和昆蟲)、喬木、藤蔓植物、草本植物和灌木。蟲類不是演化凝聚的物種群,也非生態或其他因素凝聚的物種群,然而人們卻一再辨認出這些奇特的東西,並幫它們命名。

同樣地,雖然更合乎邏輯的方法無窮無盡,人們卻始終用兩個字的種小名標示較大群生物中的特有生物。因為太熟悉了,以致很難注意到。在英文裡,各種櫟樹中我們區分出針櫟,熊類中區分出灰熊。馬雅印地安人對稱為美洲野豬、像豬的野生動物很熟悉,當他們見到西班牙人的豬時,稱牠們「村裡養的美洲野豬」。我們自己也用分為姓和名兩部分的名字,如莎莉‧史密斯或李文。連科學家都遵守此一做法,堅持用兩個拉丁字命名生物。

分類學牢不可破,最令人意外的證據來自生過病或出過意外而腦部損傷的患者。想一想英國研究人員稱為J.B.R.的大學生的案例,醫生發現J.B.R.在皰疹導致腦部腫脹而逐漸復原時,再也認不出有生命的東西。

他還是認得出沒有生命的物體,像手電筒、指南針、水壺和獨木舟。但這個年輕人認不出袋鼠、蘑菇或毛茛。世界各地都有醫生發現有類似問題的患者。最近,研究這類患者腦部的研究人員一再發表論文指出,發現患者大腦顳葉部分有損傷,以致有某些研究人員假設,大腦可能有個特定區域專司分類。

人若喪失為生物分類並命名的能力,就簡直不知該如何活在世上,如何去認識這世界。我們所有人都正在放棄分類學,即為生物分類並命名的學問。我們刻意變成可憐的J.B.R.,喪失分類和命名的能力,因此和這個活生生的世界失去連結,也失去在這世上的位分。

怪不得我們當中沒有幾個人真能看出外頭有些什麼。要改變這一切其實不難。找個生物體,任何生物體都行,好好去感覺一下,感覺它的形狀、顏色、大小、觸感、氣味和聲音。然後幫它找個名字,不論是學名,數不盡的民俗名之一,或者自己創造一個。

這麼做,就是要改變一切,包括改變你自己。因為一旦你開始注意生物體,一旦你給特定的獸類、鳥類和花起了名字,你就不能不看到生命世界和箇中的秩序,就在它一直所在之處,盡在你身邊。 (夏嘉玲譯)

關鍵字句
本文附了兩張栩栩如生(vivid)的手繪圖,摘自19 世紀德國動物學家海克爾的著作《大自然的藝術形式》(直譯,Kunstformen der Natur),都出自他的巧手。

海克爾畫出第1分詳盡的生物演化樹狀結構系譜圖「演化樹」(evolutionary tree)而備受讚譽(was greatly lauded),是當時最為人稱道的自然史畫家。(備受讚譽需要加註原文嗎? 這位譯者真是有趣)

大圖是各種蜂鳥(hummingbird)齊聚一堂。蜂鳥因振翼時發出嗡嗡聲(humming)而得名。它們能快速振翼(每秒15 到80 次,因體型大小而異)懸停空中,便於吸食花蜜,也是唯一可以打倒檔向後飛的鳥。

目前生物分類分成界(Kingdom)、門(Phylum)、綱(Class)、目(Order)、科(Family)、屬(Genus)、種(Species)7 個階層,如人在生物分類上的地位是:動物界→脊索動物門→哺乳綱→靈長目→人科→人屬→智人種。

目前生物命名遵循瑞典生物學家林奈提出的拉丁文雙名法,通常由兩個字組成,前一個是屬的名稱,後一個是種的名稱。(夏嘉玲)

【2009-09-01/聯合報】

2009年9月30日 星期三

第一次作業 - 問題的表達

第一次的作業主題是寫三封英文信. 內容是 (1) 向一位學者索取論文的抽印本; (2) 向一位學者詢問某一個物種的確實採集地點; (3) 向一位學者央求提供標本(樣本)並提議未來進行標本交換. 假設的情境是你完全不認識對方, 而且對方是知名學者. 請在10/7日中午12:00前寄至老師信箱.

2009年9月21日 星期一

巢狀分子變方分析的取樣數與效能

文章來源:Fitzpatrick BM. 2009. Power and sample size for nested analysis of molecular variance. Molecular Ecology 18(19): [全文下載]

分子變方分析(AMOVA)是個在量化不同階層的族群結構對於遺傳變異的貢獻程度時被廣為使用的工具,利用排列測試的運算方式去檢定是否接受或拒絕沒有族群結構的虛無假說。若資料分為若干組,每組內各有數個族群時,每組內的族群數愈少,組間的族群結構會因為組內可取樣供排列測試的族群數過少,而難以偵測得到。事實上,當總族群數少於6群,分析較高階族群結構時排列測試的P值絕不會小於0.05,作者於文中還提供了一套可估算在不同樣本數時最小P值的多項式係數與R指令。一個擁有大量個體數的樣本在階層式結構的分析是不具意義的,偵測組間差異的效能決定於各組內的族群數,因此研究者取應適當取樣。

Abstract
Analysis of molecular variance (
AMOVA) is a widely used tool for quantifying the contribution of various levels of population structure to patterns of genetic variation. Implementations of AMOVA use permutation tests to evaluate null hypotheses of no population structure within groups and between groups. With few populations per group, between-group structure might be impossible to detect because only a few permutations of the sampled populations are possible. In fact, with fewer than six total populations, permutation tests will never result in P-values < 0.05 for higher-level population structure. I present minimum numbers of replicates calculated from multinomial coefficients and an R script that can be used to evaluate the minimum P-value for any sampling scheme. While it might seem counterintuitive that a large sample of individuals is uninformative about hierarchical structure, the power to detect between-group differences depends on the number of populations per group and investigators should sample appropriately.

相關連結 R project: http://www.r-project.org

2009年9月20日 星期日

右側連結更新

此blog右側連結已更新

2009年9月16日 星期三

在現代系統發生學研究中,分子資料是否取代了形態資料?

文獻來源:Bybee SM, Zaspel JM, Beucke KA, Scott CH, Smith BW, & Branham MA. 2009. Are molecular data supplanting morphological data in modern phylogenetic studies? Systematic Entomology. 34(4): . [全文下載]

系統發生學長久以來一直以形態特徵為主要的資料來源,直到聚合酶連鎖反應(polymerase chain reaction, PCR)以及分子技術的長足進展之後,DNA成了系統發生學主要的資料來源,結合形態與分子資料的研究也時有所見。此後關於形態資料在系統發生學研究的效 用如何一直爭議不斷,且不同分類群的專家之間看法也常有出入。本文作者群選擇七個以系統生物學(包含各分類群)與兩個以昆蟲系統發生為主軸的期刊,分析自 1992年至2007年間系統發生研究的文章,統計以形態資料、分子資料以及形態加分子資料的研究數量為何,試圖找出研究發展趨勢。結果過去15年包含各 分類群的文章共有1469篇,有73%使用分子資料,18%使用形態資料,9%使用形態加分子資料。分三大類來看,分子資料的使用以植物(77%)最多, 非節肢動物(73.1%)次之,昆蟲(66.8%)最少;形態資料的使用在昆蟲(19.9%)以及非節肢動物(19.1%)幾乎為植物(12.5%)的兩 倍;分子加形態資料的使用以昆蟲(13.3%)最多,接著是植物(12.5%),非節肢動物(7.8%)最少。在昆蟲系統發生的期刊中,有71.9%的研 究使用形態資料,21.5%使用分子資料,6.6%使用形態加分子資料。結果顯示雖然目前許多研究著重於分析大量的分子資料,形態資料仍常被使用,特別是 在昆蟲領域。作者認為在昆蟲研究中形態資料依然被廣為使用可能是因為昆蟲有大量且狀況良好的標本收藏,而且形態構造高度特化,物種多樣性極高再加上強調形 態特徵的分類傳統。作者最後呼籲所有分類學家仍應重視形態資料,否則我們可能將會失去鑑定與描述生物的能力。

由自動特徵選取系統來加速生物多樣性物種的開拓, 兼論數位時代對分類學門的影響

ACCELERATING TAXONOMIC DISCOVERY THROUGH AUTOMATED CHARACTER EXTRACTION

文 獻出處: Salle, JL, Q Wheeler, P Jackway, S Winterton, D. Hobern & D. Lovell. 2009. Accelerating taxonomic discovery through automated character extraction. Zootaxa 2217: 43-55.

簡介
由最近期全世界物種數的統計資料我們可以看到,由林奈氏出版自然系統 (Systema Naturae)以 來的250年間,約有一百八十萬種物種被發表,然而如此龐大的分類群數量卻只代表了地球中20%的成員。於此,對於急欲探討生物的多樣性、自然資源管理、 保育政策執行以及永續發展為終極目標的人來說,分類學家的地位較過去來說顯得更為重要且不可取代,然而,舊有且以形態描述進行發表新物種的傳統分類學方 法,卻被視為過於緩慢,甚至造成新物種發現發表的阻礙。

數位時代的來臨,正逐漸帶領分類學走向更寬廣的路,利用網際合作的平台,許多全球 生物資料庫(註)整 合了當今最新的分類資訊、分子序列資料以及珍貴的古今文獻數位典藏,這些資訊的便利與易獲得性,使分類學家能夠更有效率的進行全球性的 分類群檢討,並在新發表文章時,將模式與重要標本數位影像、分子序列、分類描述、分類檢索表與文獻資料等種種資訊上傳至各網路資料庫群,可說是對全球物種 數統計與新物種發表之資訊取得的革新,並助於型態與分子資訊的整合。

對於物種鑑定或是對生物觀察有興趣者或研究人員來說,電腦運算也提供 了肉眼辨識以外的可能性。以昆蟲鑑定來說,在取得一隻標本部分清晰的翅斑紋或翅脈結構的影像之後,利用數位影像後製(例如裁切、修色、去除背景雜訊)、電 腦運算與結合內建標本影像資料庫的搜尋,便有辦法篩選出與該標本有關的物種,以此達成物種的鑑定。

然而,相關研究人員目前對於電腦運算潛 力的期望並不僅於已知物種的鑑定,本文作者群倡議將來能夠發展出一套全自動或半自動特徵選取系統(automated character extraction system),已達成對標本影像(包含平面影像、3D影像、立體造影、X光影像、核磁共振影像以及斷層掃描)的型態特徵選取,並執行同源性特徵的評估與 特徵矩陣化,進而應用特徵矩陣完成檢索表與分類描述的撰寫甚至進行親緣關係的重建。如此對於現今絕多數分類學家皆無法想像的可能性,作者群認為這樣的新思 維是結合數位時代所必然的趨勢。然而作者群的確也指出了自動特徵選取系統在每個微細步驟、電腦邏輯編寫以及人力培訓上的艱難處,也提出未來不同領域(例如 生物多樣性資訊、影像分析、軟體與搜尋引擎開發技術、語言學等)與專業技術人員整合。當然,也包含了資金的援助。

註: 全球生物多樣性資料庫相關網站:
Encyclopedia of Life (EoL)
Global Biodiversity Information Facility (GBIF)
GenBank
Atlas of Living Australia (ALA)
Species 2000
ITIS Catalogue of Life
MorphBank
ZooBank
Biodiversity Heritage Library (BHL)

Abstract
This paper discusses the following key messages. Taxonomy is (and taxonomists are) more important than ever in times of global change. Taxonomic endeavour is not occurring fast enough: in 250 years since the creation of the Linnean Systema Naturae, only about 20% of Earth’s species have been named. We need fundamental changes to the taxonomic process and paradigm to increase taxonomic productivity by orders of magnitude. Currently, taxonomic productivity is limited principally by the rate at which we capture and manage morphological information to enable species discovery. Many recent (and welcomed) initiatives in managing and delivering biodiversity information and accelerating the taxonomic process do not address this bottleneck. Development of computational image analysis and feature extraction methods is a crucial missing capacity needed to enable taxonomists to overcome the taxonomic impediment in a meaningful time frame.

2009年9月8日 星期二

本學期課程設計之構想 (Part I)

首先, 這個課程的開授對象乃是以系統生物學(包含比較形態, 系統分類, 親緣關係, 演化生態, 親緣地理, 族群遺傳, 分子演化)相關議題為論文題材的研究生與大學部專題生, 若您只是因為對系統分類與演化有興趣, 且在之前完全未修過此類課程者 (分類, 遺傳, 生統, 生態, 演化任二課程), 尤其是非生態組之碩專班同學, 請儘可能不要選修這門課, 推薦您應該去修海科院海生所莫顯蕎與宋克義老師所開授的系統分類與演化課程, 以免完全無法聽懂耽誤您的寶貴時間(與學分費). 本課程在這學期的主要教學重點如下:
  • 進行系統生物學研究實務上將面對的歷史, 哲學, 科學與政治議題
  • 進行研究所需具備的基礎 - 科學邏輯, 研究策略, 工具應用, 語言使用
  • 假說的形成與實驗的設計
  • 成果的詮釋與議題的延伸
  • 研究相關的規約, 規範與道德
課程除老師講授之外將挑選重要議題(方法論及研究趨勢為主), 由同學進行報告與討論

2009年9月7日 星期一

[新書]Species - A History of the Idea

[書名] Species - A history of the idea
[作者] JS Wilkins
[出版] University of California Press
[年代] 2009
[規格] 303 pages, figs.
[ISBN] ISBN-13: 9780520260856
[原文書介網頁] nhbs
http://www.ucpress.edu/books/pages/11391.php
[書評]

“少有議題能比種概念更能結合生物學家與哲學家的思維,且可以說是演化科學上最重要的主題。作者在本書中綜合嚴謹的歷史與哲學上的分析,並為此耐久的學科提供新的發展見解。” - Joel Cracraft,美國自然史博物館

"物種"這個複雜的概念隨著時間而演變,其意義至今仍未有答案。此書透過追蹤其從遠古到現代的歷史發展脈絡,以嶄新的眼光看待生物學領域的中心想法。作者 探索其本質的角度,串聯從柏拉圖與亞理斯多得的時代穿過中世紀直到近代,並細想物種在自然史中的概念-通常與生殖相連的概念。 追溯物種“生殖的概念”至達爾文甚至伊比鳩魯(希臘哲學家)的想法,作者提供對於生物學家與哲學家之間處理此概念的關連一個新的洞見。他同時回顧了一系列 近代的定義,而“物種”在過去、現在與未來的自然科學中,都是探索的標準和基礎概念的澄清。

另見Taxacom之討論

2009年8月31日 星期一

課程進度以blog公告者為準

各位欲修課同學:

本課程的進度與時程以blog公告者為準, 請勿理會學校課程網上的制式說明.

2009年7月17日 星期五

物種分化歧異度是否與形態演化的速率有關?

photo by cotinis

Are rates of species diversification correlated with rates of morphological evolution?
Dean C. Adams, Chelsea M. Berns, Kenneth H. Kozak and John J. Wiens

作者在此以190個無肺螈科山椒魚物種的形態與親緣關係資料測試此關係。出乎意料地,作者發現物種分化速率與形態分化速率沒有顯著相關,這些快速分化可以與 少量的形態改變共同發生,反之亦然。作者也發現大多數支系發生明顯相似的形態演化(雖然廣泛的共域),且那些相對較新的表型並未與快速演化相關。最後,作 者發現體型和形狀的演化之間有強烈的關係,此關係在前人研究中並未驗證過。

Abstract
Some major evolutionary theories predict a relationship between rates of proliferation of new species (species diversification) and rates of morphological divergence between them. However, this relationship has not been rigorously tested using phylogeny-based approaches. Here, we test this relationship with morphological and phylogenetic data from 190 species of plethodontid salamanders. Surprisingly, we find that rates of species diversification and morphological evolution are not significantly correlated, such that rapid diversification can occur with little morphological change, and vice versa. We also find that most clades have undergone remarkably similar patterns of morphological evolution (despite extensive sympatry) and that those relatively novel phenotypes are not associated with rapid diversification. Finally, we find a strong relationship between rates of size and shape evolution, which has not been previously tested.

(本篇文字作者為Enya)

2009年6月29日 星期一

演化中的電子化分類學

Zauner H. 2009. Evolving e-taxonomy. BMC Evolutionary Biology 2009, 9:141 doi:10.1186/1471-2148-9-141

2009年6月14日 星期日

Biologist Discovers Pink-winged Moth In Chiracahua Mountains

ScienceDaily (June 12, 2009) — University of Arizona biologist Bruce Walsh has identified a new species of moth in southern Arizona. Normally, this is not a big deal. The region is one of the most biologically rich areas in the country and collectors have been finding hundreds of new species for decades. This one, however, is different.....[詳全文]

Bruce Walsh發表於ZooKeys之原文

2009年6月13日 星期六

預告本課程的課程設計與上課方式

這次的課程的表定上課時間將在2009年9月中起到1月中結束, 不過我們的上課時間為了配合老師出國以及學生出野外的需求一向有彈性, 因此我希望可以集中幾週把課上一上, 但是課與課之間會留時間給同學回去看書與練習. 我預計有可能修課的同學在5人以內, 因此在課程時間的調整上會更有彈性. 這個學期的課程我打算包含以下幾個面相:
  • 知識 (knowledge): 進行systematics研究所應該具備的基儲知識範疇
  • 技巧 (skill): 繪圖, 寫作, 與表達
  • 工具 (tool): 從觀察, 解剖, 比較, 統計, 演化遺傳, 發育演化到應用演化學的工具清單
  • 趨勢 (trends): 從18到21世紀的研究歷程, 未來, 學術政治, 與科學道德
  • 演練 (practice): 針對每一個人的問題進行討論與改進的建議
本課程不使用特定的課本, 但會有大量的文獻與案例研討與演練, 請選課前三思. 打算選課的同學可於暑期開始與老師進行討論, 並列入學期內的上課時數以節省您在學期中的上課時間.

圖片連結: Bettaman的flickr相簿