2016年8月14日 星期日

模式標本的標籤需要被拍下來擺在論文裏嗎?

當我年紀小(?)開始寫分類文章的時候,曾經有老師質問我:「你們做鱗翅目分類的人為什麼喜歡把標籤排一排然後拍一張照片?」當時資質愚魯,不太知道怎麼回應,只覺得「其它大大都這樣做我就照做啊~」

但是現在我知道了,所以我又要來說故事。

不同分類群生物標本的標籤有非常非常非常大的差別。植物有植物的規定,真菌有真菌的規定,只能做玻片的生物(例如草履蟲)有自己的規範,脊椎動物有脊椎動物的規定。但是在什麼樣的情況下,標本上的標籤有重要到非要拍出來給大家看不可呢?

標籤需要被圖示在論文上這事在過去有幾個必備條件:
  1. 一定要是具有歷史價值的標本:所謂的歷史價值當然是由各領域自行認定。例如林奈、華萊士、還是什麼拉馬克的標本。為什麼這些具有歷史意義的標本的標籤需要被秀出來呢?因為對喜歡考證史料的人來說,標籤的大小、標記方式、筆跡、樣式、排列都可以被拿來當成推斷標本來源、鑑定過程,收藏保存歷程的證據。
  2. 一定要有混亂的鑑定歷史:什麼叫混亂的鑑定歷史呢?例如模式標本地位有疑義、同一份標本被不同作者指定為不同物種的模式標本(也就是「異物同模」)、標本本身被變造 (例如是合成標本、偽造標本,或是被不當修補過的標本),或是標本本身在不同標本館中被轉賣好幾手。
  3. 該標本從來沒有被任何文獻圖示過:尤其是高度稀有物種,除了模式標本以外沒人見過,或是文獻上的記載與標籤不盡吻合。

雖然現在許多比較大規模又有錢的博物館會把標本影象數位化,但是絕大多數的標本館(尤其是動物學的部份)並不把標籤另行數位化,所以這對一些需要確認標本地位的研究者來說是非常苦惱的事。舉例來說,過去科技部曾經支持過一些數位典藏計畫,有些單位就乖該地把標籤分開數位化,而且通通擺到網路上。這使得其它科學家與大眾可以檢驗這些館藏鑑定的正確性,尤其是模式標本的真偽。果不其然,某單位的「模式標本」就被發現不是模式標本,其判斷依據就是標籤不吻合研究者對於該作者的筆跡與標籤型式的認知;而有些「一般典藏標本」卻被國外的研究者發現是失落很久的「模式標本」,而且還是來自中美洲。這也就是說標籤資訊本身不是沒有意義的東西。

然而標籤資訊是否應該被納入論文中討論,與標籤本身的影像是否應該被納入圖版排列是兩回事。如我上面所說,只有在吻合這三個要項之下,標籤影象才真的有必要被納入論文中,否則就應該在精簡圖版的原則下,不要納入那些沒有疑義,不太有人懷疑的資訊。

2016年8月12日 星期五

《植物比你想的更聰明》一書中「草履蟲與裸藻誰更高等?」一文的荒謬

商周最近出版了一本名為《植物比你想的更聰明》的書,原作者是佛羅倫斯大學的Stefano Mancuso以及一位科普記者Alessandra Viola。Mancuso本身其實是植物生理學家,而且所研究的領域策重農藝應用。Mancuso本人也是多篇有關植物訊息傳遞與電生理學著作的作者,因此他在這個領域,也就是"植物神經生理學"(雖然很多人不同意這個看起來超炫的詞彙),的確是位專家。

這本書的原文是Verde brillante. Sensibilità e intelligenza del mondo vegetale,意思是
多采多姿的植物世界所展現的智慧與敏銳 (雖然許多學者,例如Alpi et al. (2007)根本不同意植物有同等於動物神經元的結構,也不同意植物細胞之間的訊息傳遞就可稱之為智慧)。此書的原意其實只是想要提示大家,植物細胞、組織與個體間的訊息傳遞是非常活躍且複雜的,而這些活動並不如大家過去所以為的那麼靜態與緩慢。但是Mancuso畢竟不是演化生物學家,所以他的著作只要涉及演化,看起來就寫得亂七八糟,甚至會誤導大眾。這真的只是不同學門的學者之間的文人相輕嗎?不是。我想就其中一個章節的問題來談談我的看法。

8/12日的時後PanSci轉載了其中一個章節的內文(08/13已移除),PanSci所下的標題是「草履蟲與裸藻誰更高等?我一看到這個標題就非常惱怒,因為「誰比較高等」這個問句本身不只是政治不正確,在科學上根本也站不住腳。此外,原來的譯文是「裸藻對上草履蟲,是否旗鼓相當?」(英文的原文是Euglena versus Paramecium: An Even Match?),我不太知道PanSci沒事幹嘛下這個令人惱怒的標題?因為這整篇文章令人惱火的點實在是太多了,為了讓我的學生不要被這樣的科普書所誤導,我認為有必要一句一句地檢視這篇文章的謬誤。
  • 何謂高等與低等?高低等之說並非沒有風行過,尤其是那個流行人類至上的年代,認為演化是有方向性的年代,的確會有人把複雜的,主觀看來先進的分類群稱為高等。當我們把人的出現當成一個演化上唯一的極致時,就會形成高低等這樣的概念。在演化學或系統分類學上,的確會出現"higher"或"advanced"這樣的字眼。但是higher通常指的是科級以上的分類階元(taxonomic rank),所以分類學才有「高階分類群」這個概念。這高階指的是分類階元的高低,和演化出現的順序、特徵的複雜度,或是在演化史上的成功一點關係也沒有。那"advanced"呢?這個用法在演化學上是存在的。然而advanced一詞通常只能拿來描述同一個演化支系(evolutionary lineage)上晚近出現物種相對於早期出現物種的特徵狀態。舉例來說,在鱗翅目昆蟲來說,蝴蝶就屬於"advanced group",那是因為牠們比較晚出現,自然會具備早期演化類群並不具備的曲管式口器。所以如果要談"advanced or not"沒有不可以,但是被比較的兩者必須要同屬一個演化支系,否則就不會有比較基礎。
  • 概念停留在林奈時代:Mancuso把草履蟲稱為「單細胞動物」,然後把裸藻稱為「單細胞植物」真是令人恍若隔世。他的分類學可能根本要重修(或是沒修過)才會寫出這種匪夷所思的東西。我和邵廣昭老師還有洪玲雅曾經寫過一篇回顧生物分界沿革的短文,這個整理並非我們自己的意見,而是一個廣而周知的議題。從以前到現在,只有林奈那個時代主張所有的生物只能分為「動物」(Animalia)與「植物」(Plantae)兩界。1866年以後Haekel就已經把生物分成三界了。那一直到現在生物有幾界呢?根據我先前的說明,早就超過10界了。為什麼會越分越多界?那是因為我們過去對生物之間的演化關係所知有限,過去能夠使用的證據也很有限。現在已經是後基因體時代,演化理論與運算能力都比以前更好,所以當我們有了很好的分子演化工具與運算能力,就可以把更多的生物類群帶進來分析,這也會使我們發現過往的分類體系不夠用、不合用,需要改良與擴增。這也就是為什麼台灣過去生物課本所教的那一套早早就就被推翻了。但是很不幸的是我們台灣的教育界還停留在1966年Whittaker的「五界體系」,甚至連「三域說」都沒提到,這也就是為什麼高中與大學教育根本搭不起來的原因之一。
  • 那草履蟲和裸藻應該是什麼?根據近年盛行而且並不太有爭議的假說,草履蟲(Paramecium)屬於囊泡蟲界(Alveolata)纖毛蟲(Ciliiophora)的生物。而裸藻(Euglena)則屬於古蟲界(Excavata)眼蟲門(Euglenozoa)的生物。囊泡蟲界和古蟲界八竿子打不著關係,我真的不知道這有什麼好比的?況且,我們看到的是「現生物種」,現生物種的起源時間,和整個演化支系(例如眼蟲門)的起源年代並不相同,比來比去究竟是在比什麼年代的事呢?
  • 接下來我要一句一句的表這篇文章:
    "我們都知道,地球上最先出現的單細胞生物是屬於植物的藻類。藻類行光合作用產生氧氣,使包括真核生物(或者說動物細胞)在內的生命得以擴散綿延。"這句話真是看到鬼。地球上最先出現的單細胞生物是細菌吧?最早能行光合作用的生物也應該是藍綠菌。泛植物(Archaeoplastida)則是到了Picozoa以後才出現,所以這段話根本就是狗屁不通啊。

    "現今草履蟲和其他原生動物(protozoa)獨立為一類,稱作原生生物(protist)。但是,直到幾年前,不管怎麼看,人類都將草履蟲當成動物。一如「原生動物」一詞所提示,草履蟲是原始型態的動物。"這段話也是一樣,不知道在寫什麼。Protozoa是一個相對於Metazoa (真正的動物)的辭彙,那是因為過去的學者把所有看起來會動的單細胞生物通通稱為Protozoa,以茲與多細胞的動物有所區別。但是Protist則是完全不一樣的概念。Protist則包含了Protozoa還有一些具有色素的單細胞生物,無論如何,Protozoa和Protist都是不被現代分類學所採用的類群,因為它們都是多系群(polyphyletic group)。

    "在與草履蟲相對的另一方,屬於綠藻類單細胞微生物的裸藻一樣是造物的奇蹟。裸藻也可劃入原生生物,但無疑具備植物本質。"這一整段也是看到鬼。裸藻的葉綠體來自二次內共生(secondary symbiosis),事實上大多數的眼蟲門生物並不具類葉綠體這樣的構造,但只有某些可行光合作用的類群因為和單細胞綠藻發生了內共生演化,才使得它們能夠具備葉綠體。這個年代那有人在講什麼「植物特徵」還是「動物特徵」?因為植物和動物的定義早早就被動搖了啊。但是我們的課本很少更改,教師手冊很少更新,更別說還有這種亂七八糟的科普書來亂。

    "顯然,草履蟲與裸藻都能繁衍。若是觀察兩者在水中的舉動,似乎看不出太大不同。但,且慢,草履蟲的身體有電信號來回穿梭,將訊息傳至單細胞各處。是故,學者稱草履蟲為「游泳中的電子」,而以此稱號來定義草履蟲似乎十分恰當。不過,同種電脈衝也流遍裸藻的單細胞身體。所以,雙方又是不分勝負。"我真的不知道這段是在比什麼東西。每一種生物之所以會具備某一些特徵,都是演化歷程中經過天擇所留下來的。然而每一種生物的演化歷程中所受到的選汰壓力不一樣,所以我們並不會知道草履蟲的纖毛和裸藻的鞭毛何者「比較好」。特徵沒有好不好,只有適不適應當代環境的問題。只要能適應,能取得優勢就是好。難道人類這樣的動物在完全無光的環境中能夠有生存優勢嗎?

    "本章開頭談到的演化阻礙。五億年前,植物與動物開始分化,原初生物選擇了分歧的路徑。總而言之,植物選擇安居的生活風格,而動物選擇流浪。"看到這段快吐了。動物界的姐妹群是領鞭毛蟲,和泛植物一點關係也沒有。還有,六億三千萬年前的艾迪卡拉紀就已經有多細胞,而且還可能是兩側對稱動物出現了,那個什麼五億年前植物與動物分化根本就是鬼扯。更不要說什麼植物選擇安居,動物選擇流浪,現在是在演瓊瑤嗎?

    "植物必須自土壤、空氣、太陽獲取一切維生所需。人們因此將之定義為「自營性」。也就是說,自給自足,不仰賴別的生物求存。動物則需以他種動物或植物為食,因而開展出多樣運動機能,諸如奔跑、飛翔、游泳。有鑑於動物不能自給自足,人們便將之定義為「異營性」。"這段也是在鬼扯。此事首先要先問碳源來自那裏,再問能量是否來自光?還是來自無機氧化作用?這樣就會得到五種組合,也就是光合自營、化學自營、光學異營、化學異營,與有機營養生物。這已經是生態學常識,結果被此人簡化成兩種。

    "歷經一代又一代,最初的選擇導致動植物其他的根本差異,以至於人類如今可以將兩者看成是生態系的陰與陽、黑與白。植物不動,動物能動;動物進取,植物消極;動物迅疾,植物徐緩。這樣的二元對立,我們能想出好幾十個,但總歸一句話:五億年來,植物界和動物界的生命演化大有區別。"我好想說黯陰羊喔,還陰與陽。這段話根本不是科學,是玄學啊~垃圾啊垃圾。
這個案例也告訴我們,並非只要是教授寫書或是知名出版社出版的書,就是萬無一失的。沒有一本書會萬無一失,人也很難一直追趕最新的知識,但是能後落後這麼多,近乎退回到林奈時代的東西還真的是不簡單。

2016年8月9日 星期二

標本的採集者就應該是必然的論文作者嗎?

經常讀分類文獻或是曾經長期進行分類研究工作的大大們一定知道,在分類學研究中經常出現兩個狀況:(1) 新分類群的作者和論文作者不一致,還有 (2) 只因為是標本採集者,所以就順理成章成為共同作者。若沒有把他當成共同作者,就會引發一堆有的沒有的風風雨雨,把什麼學術道德啦,倫理啦,良心啦,通通翻出來講。這究竟是怎麼回事?

我先談第一個狀況。

為什麼會有新分類群作者和論文作者不一致的狀況?我再白話一點說,你在一篇由A、B、與C當共同作者的文章中看到一個新分類群,但是該新分類群的作者卻只有A & B。為什麼會這樣?這樣的狀況在分類學不是不常見喔,特別是作者之間競爭激烈,然後有時候為了湊成一篇文章,或是勉強合作的情況下就會出現這種問題。就命名規約來說並沒有不可以,因為物種的描述其實獨立於整篇文章,所以新分類作為的作者本來就可以不同於文章的作者(但不能不是文章作者),只是在引用的時候會非常麻煩。

好比我提到一個物種叫A-us b-us,其作者是C & D,發表年代是2016。學名會被書寫為A-us b-us C & D, 2016,那麼當你只看到這個學名時,一定會以為那篇文章的作者只有C & D,天知道該文章的作者是C、D與E。這樣就會造成學名後作者和引用文獻之間的不一致。


這類狀況之所以會產生就是因為有些傳統分類學者對於authorship和credit高度在意,不願分享,但是又不情不願地合作才會變成這個樣子。

我再談第二個狀況,也就是採集者是否必然是作者的問題。

任何受過科學訓練的人都應該理解到,能夠卦在論文上的作者,應該要有科學貢獻。所謂的科學貢獻包含提出點子、材料收集、執行、討論、與論文撰寫。在近代期刊上多半都會要求作者聲明每一個共同作者的貢獻,而我們也通常認為對文字量貢獻最大的,還有張羅論文所有事務的人,應該成為第一與聯絡作者。

但是採集者呢?等同於材料收集嗎?其實不一定。如果一個人只是採到一份標本,交給一位學者,而該學者鑑識出那是一個新分類群,那這個採集者的功勞就只是採到,科學貢獻並沒有那麼大。我不認為他必然能夠順理成章地成為共同作者,頂多出現在致謝中。但是如果採集者本身提供許多科學資訊、協助分析,或參與文字的撰寫,那其功勞當然就是大大地加分。

當然我們知道很多人之所以成為論文的共同作者只是因為裙帶關係、攀親帶故、利益交換、學術政治因素,或只是為了擺平對方,而這樣的問題會出現在所有的領域,不會只有分類學啊。

但是請記得,採到標本是很幸運的事,但是除非自己有實質的科學貢獻,否則只是因為自己採集到就要求對方讓自己當共同作者其實是有違學術道德的。然而如果論文作者對於採集者的貢獻隻字不提,或甚至刻意隱藏與貶低採集者的貢獻,同樣也違反學術道德。